ΚΑΤΗΓΟΡΙΕΣ ΠΑΘΟΓΟΝΩΝ ΟΥΣΙΩΝ & ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ

Μύκητες

• Είναι ευκαρυωτικοί οργανισμοί που κατατάσσονται σε ιδιαίτερο βασίλειο (Kingdom Fungi). 
• Αναπαράγονται με σπόρια. Η μεταφορά των σπορίων γίνεται μέσω του αέρα, του νερού ή του εδάφους. 
• Υπολογίζεται ότι περίπου 20000 είδη μυκήτων είναι φυτοπαθογόνα. Η ακριβής  τυποποίηση τους είναι κατά κανόνα δύσκολη χωρίς τη χρήση εργαστηριακών τεχνικών. Στη συνήθη πράξη γίνεται αδρή προσέγγιση με βάση τα επιμέρους συμπτώματα της μόλυνσης. 

Προκαλούν μεταξύ άλλων

• Κηλίδωση των φύλλων
• Σήψη ριζών
• Σήψη στελέχους
• Σκουριά
• Ωΐδιο
• Ανθράκωση
• Έλκη
• Όγκους
• Μαρασμό

 Κοινά γένη παθογόνων μυκήτων

• Alternaria
• Armillaria
• Ascochyta
• Botrytis
• Cercospora
• Cladosporium
• Colletotrichum
• Erysiphe
• Fusarium
• Pelicularia
• Puccinia
• Rhizoctonia
• Sclerotinia
• Septoria
• Verticillium

Ωομυκητες

• Εϊναι ευκαρυωτικοί οργανισμοί, με μορφολογικές ομοιότητες με τους μύκητες.
• Προκαλούν μεταξύ άλλων:
• Σήψη ριζών
• Σήψη στελέχους
• Σήψη λαιμού
• Λευκή σκουριά
• Περονόσπορος

Περιλαμβάνουν τα γένη

• Phytophthora
• Pythium
• Albugo
• Peronospora
• Plasmopara
• Pseudoperonospora

Βακτηρια

Προκαρυωτικοί οργανισμοί (Kingdom Bacteria)
Τα φυτοπλάσματα είναι εξειδικευμένα βακτήρια

Προκαλούν μεταξύ άλλων

• Όγκους
• Σήψεις
• Κηλίδωση των φύλλων
• Μαρασμό
• Νεκρώσεις
• Έλκη
• Βακτηριακό κάψιμο
• Φυλλωδία (φυτόπλασμα)
• Επιλεγμένα γένη:
• Agrobacterium
• Erwinia
• Pseudomonas
• Xanthomonas

Ιοι

Είναι παρασιτικές δομές που δεν κατατάσσονται σε κανένα από τα γνωστά Βασίλεια. Υπάρχουν και αναπαράγονται χρησιμοποιώντας λειτουργίες άλλων κυττάρων.
Διασπείρονται συχνά μέσω εντόμων-ξενιστών ή και μέσω άμεσης επαφής, ενώ μπορούν να μεταφέρονται και μεταξύ διαφορετικών γενεών.
Η λοίμωξη είναι συχνά ασυμπτωματική. Μπορεί να παρατηρηθούν τα εξής:

• Υπολειπόμενη ανάπτυξη
• Δυσχρωμίες, δυσμορφίες και νεκρώσεις καρπών, φύλλων και άνθεων
• Σήψεις

Ενδεικτικά αναφέρονται:

• Impatiens necrotic spot virus (INSV)
• Tomato spotted wilt virus (TSWV)
• Tobacco ringspot virus (TRSV)

ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΙ ΑΜΥΝΑΣ ΤΩΝ ΦΥΤΩΝ

1. Παθητικοι (προϋπαρχοντες):

• Δομικά συστατικά του φυτού (εξωτερικό περίβλημα - κορμός, κυτταρικό τοίχωμα)
• Μεταβολίτες: Ουσίες με τοξική - αντιμικροβιακή δράση (αλκαλοειδή, ταννίνες, φαινόλες κλπ)

2. Ενεργητικοι (προκλητοι):
Περιλαμβάνει παράγοντες που δεν προϋπήρχαν της μόλυνσης, και παράγονται εξαιτίας αυτής.

Βασική αντοχή (basal resistance / innate immunity) 

• Αποτελεί την πρώτη γραμμή άμυνας.
• Είναι μη-ειδική και αναγνωρίζει αλληλουχίες μορίων που σχετίζονται συχνά με παθογόνα μικρόβια [microbe-associated molecular patterns (MAMPs)], αλλά μπορεί να υπάρχουν και σε μη-παθογόνα.
• Εξουδετερώνει την πλειοψηφία των παθογόνων μικροοργανισμών.
• Μεταξύ των μηχανισμών βασικής άμυνας είναι και η αύξηση του πάχους του κυτταρικού τοιχώματος στο σημείο της μόλυνσης.
• Ορισμένα παθογόνα συνθέτουν εκτελεστικές πρωτεϊνες (effector proteins), οι οποίες καταστέλλουν τη βασική αντοχή συγκεκριμένων (διαφορετικών κατά περίπτωση) ευπαθών ειδών φυτών. Στην περίπτωση αυτή ενεργοποιείται η αντίδραση υπερευαισθησίας.
• Αντίδραση υπερευαισθησίας (Hypersensitive response /HR): 
• Είναι περισσότερο εξειδικευμένη / στοχευμένη σε σύγκριση με τη βασική άμυνα.
• Περιλαμβάνει τη νέκρωση των κυττάρων γύρω από το σημείο της μόλυνσης (απομονώνοντας έτσι το παθογόνο από τους υγιείς ιστούς).
• Παράλληλα αυξάνεται η συγκέντρωση τοξικών ουσιών, οι οποίες τείνουν να αναχαιτίσουν τη λοίμωξη.
• Τα κύτταρα που νεκρώνονται παράγουν ουσίες με αντιμικροβιακή δράση (φαινόλες και φυτοαλεξίνες).

Επιπρόσθετοι μηχανισμοί

• Παραγωγή ουσιών από τις ρίζες του φυτού, οι οποίες προσελκύουν ωφέλιμα βακτήρια τα οποία συμμετέχουν στη διαδικασία της ίασης.
• Ορισμένα φυτά παράγουν ουσίες οι οποίες προσελκύουν ωφέλιμα έντομα (κυρίως προνύμφες).
• Άλλα φυτά έχουν αναπτύξει συμβιοτικές σχέσεις με έντομα, τα οποία επιτίθενται άμεσα σε οποιοδήποτε "εισβολέα".
• Σε περιπτώσεις ιών, εκτός από την αντίδραση υπερευαισθησίας, ενεργοποιούνται μηχανισμοι RNA σίγησης (καταστολής του γενετικού υλικού του ιού).

Συστηματική επίκτητη αντοχή (Systemic acquired resistance /SAR)

Είναι η διαδικασία ανάπτυξης επίκτητης ανοσίας στα τμήματα του φυτού τα οποία δεν έχουν προσβληθεί από το παθογόνο. Ως αποτέλεσμα το φυτό αποκτά ανοσία σε ένα ευρύ φάσμα παθογόνων, για διάστημα το οποίο ποικίλλει μεταξύ των ειδών.
Απαιτεί την παρουσία σαλικυλικού οξέως, το οποίο παράγεται κατά την αντίδραση υπερευαισθησίας.
Ορισμένα φυτα παράγουν σαλικυλικό μεθύλιο (methyl salicylate) το οποίο μεταφέρεται αερογενώς τόσο στα υπόλοιπα μέρη του φυτού, όσο και σε γειτονικά φυτα, ενεργοποιώντας την ανοσιακή διαδικασία.
Το γιασμονικό οξύ (jasmonic acid) παράγεται στο σημείο της μόλυνσης, και μεταφέρεται μέσω του φλοιώματος στο υπόλοιπο φυτό, προάγοντας την παραγωγή ουσιών με ανασταλτική δράση έναντι των λυτικών ενζύμων των μικροοργανισμών.
Στα πλαίσια ενεργοποίησης του SAR έρευνάται η χρήση ειδικών ψεκάσιμων χημικών διεγερτών.